عنوان	کارایی روشهای آماری بیزی برای پویش ژنومی صفات ساختاری بدن در گاوهای شیری آمیخته
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده در مجلات علمی
کلیدواژه‌ها	صفات ساختاری ,گاوهای شیری ,آماری بیزی,پویش ژنومی
چکیده	در سالهای اخیر روشهای آماری مختلفی برای درک روابط بین ژنتیک و فنوتیپ بهکار گرفته شدهاند. برخالف روشهای پارامتری، در روشهای بیزی اثر متغیرهای ژنتیکی میتوانند در بیش از یک توزیع آماری مورد آنالیز قرار گیرند. با توجه به اینکه توزیعهای آماری این روش میتوانند متفاوت از همدیگر باشند لذا بهنظر میرسد روشهای بیزی بتوانند درک صحیحتری از مناطق ژنومی مؤثر بر صفات کمی و میزان اثر آنها ارائه کنند. لذا هدف از انجام پژوهش حاضر، محاسبه میزان واریانس ژنتیکی توجیه شده روشهای چند مرحلهای بیزی شامل BayesA، BayesB و BayesCπ برای صفات مرتبط با ساختار بدن در گاوهای شیری آمیخته بود که با تراشههای K50 گاو تعیین ژنوتیپ شده بودند. برای هر دام، پنج صفت شامل ارتفاع قد از جدوگاه، دور سینه، طول بدن، عمق سینه و فاصله دو هیپ رکورد جمعآوری شده بود و با استفاده از بسته نرمافزاری hibayes در محیط R میزان اثر هر یک SNPها برآورد شد. میزان واریانس ژنتیکی توجیه شده در روش BayesA براساس فاکتور بیز نسبت به سایر روشها بیشتر برآورد شد. کمترین و بیشترین میزان واریانس توجیه شده بهترتیب مربوط به صفات دور سینه )12%/5( و طول بدن )21%/7( بهدست آمد. پنجرههای ژنومی با بیشترین واریانس ژنتیکی روی کروموزومهای ،4 ،5 ،6 ،7 ،10 ،11 16 و 23 قرار داشتند و PTBP1 و SYN3 ،TBPL2 ،CHCHD3 ،PDE1B ،ARAP2 ،ATF3 ،PRDX6 کاندیدای ژنهای شامل بودند. ژنهای شناسایی شده عملکردهای مهمی را در ارتباط با سنتز کالژن، فرآیند استخوانسازی، رشد عضالت اسکلتی و تنظیم یون کلسیم بر عهده داشتند. نتایج تحقیق حاضر نشان میدهد هنگامیکه معماری صفات بررسی شده از مدل تعداد زیاد جایگاه ژنی پیروی کند، معموالً روش BayesA بر بیزهای دیگر ارجحیت دارند. عالوه بر این، با توجه به شناسایی مناطق ژنومی جدید و نقش کلیدی ژنهای ذکر شده در ایجاد صفات ساختاری بدن میتوان کارآیی روش BayesA برای پویش ژنومی در صفات ساختاری بدن را تأیید کرد.
پژوهشگران	حسین محمدی (نفر اول)، محمد شمس الهی (نفر دوم)