|
چکیده
|
چکیده امروزه در پی پیشرفت تکنولوژی توالییابی نسل جدید )NGS( این تکنیک بهع ونهوای یکهی از هری ترین و دقیقترین روشهای توالییابی ژنوم شناختع میشود. یکی از رایج ترین کاربردهای توالییابی نسل جدیهد در مطالعع ترنسکریپتوم بع و یلعی توالییابی RNA میباشد. این نهوت توالییهابی اقتدهادیتر از توالییهابی کهل ژنوم ا ت و امکای برر ی مجمووع کامل ترنسکریپتوم را بها بهازدهی بسهیار بهاو و بهع رهور کمهی فهراه میکند. گیاه کاملینا ).Camelina sativa L( یکی از گیاهای روغنهی-دارویهی میباشهد. بها توجهع بهع ارزش باوی این گیاه و باو بردی اطالوا ژنومی ایهن گیهاه در پای اهههای اطالوهاتیا توالییهابیا ت هت ژنتیکهی و برر ی بیای ژیهای متابولیتهای مه این گیاه از اهمیت بسیاری برخوردار ا ت. در این پژوهش توالییهابی و برر ی ترنسکریپتوم دو وین دابلدهاپلوئید این گیاه انجهام شهد. توالییهابی بها بهن هازه HiseqIllumina 2500 برای دو نمونع وین رور پذیرفت. کیفیت و کمیت دادههای حارل از توالییابی با ا تفاده از ابهرار fastp نجیده و به ود داده شد. پس ره بندی ترنسکریپتوم بع و یلع نرمافرار Trinity انجام شهد. برر هی فراوانی ایروفرمهای مختلف بع و یلعی ابرار salmon و برر ی بیای افتراقی ژیها بها نرمافرارههای Noiseq و EdgeR انجام شد. در ادامع ژیهای دخیل در بیو نتر متابولیتهای مه این گیاه شنا ایی و بیای آیهها در دو وین مورد مطالععا برر ی شد. بع طور کلی ط ق نتایج برر ی بیایا میرای بیای اکثر ژیهای دخیهل در بیو هنتر متابولیتهای مه در وین شماره 27 از وین شماره 80 بیشتر بود. همچنین با ا تفاده از دادههای ترنسکریپتوم گیاه و توالیهای میکروRNAهای شناختع شده در ایر گیاهای تعهداد 33 میکهروRNA شنا هایی و ژیههای هدف آیها با ا تفاده از برنامعی psRNAtarget مشخص شدند.
|