هدف از تحقیق حاضر بررسی روابط بین ژنوم های D، S و U در سه گونه ی دیپلوئید از جنس گندم نیای وحشی (Aegilops) با ژنوم A در دو گونه ی دیپلوئید از جنس گندم (Triricum) با استفاده از 15 آغازگر ISSR می باشد. آغازگرهای ISSR توانستند 105 مکان را شناسایی کنند، که 6 مکان یک شکل و 99 مکان چندشکل بودند. میانگین تعداد مکان تولید شده 7 بود و متوسط تعداد مکان چند شکل 60/6 بود. آغازگرهای IS13، IS6 وUBC865 به عنوان آغازگرهای برتر در شناسایی تنوع ژنتیکی در بین جمعیت های مورد بررسی معرفی شدند. در بین گونه های هر دو جنس تنوع ژنتیکی بالایی بر اساس نشانگر مورد استفاده وجود داشت و سهم بالای واریانس بین گونه ای نسبت به واریانس درون گونه ای نشان داد که گونه ها بر اساس نشانگر مورد بررسی کاملاً تفرق داشتند. نتایج ماتریس تشابه، تجزیه خوشه ای و تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که دو جنس از هم تفکیک شده اند و در گونه های جنس گندم نیای وحشی گونه Ae. umbellulata (ژنوم U) بیشترین فاصله را با دیگر گونه ها داشت و دو گونه Ae. strangulate و Ae. tauschii (ژنوم D) کمترین فاصله را داشتند و در مرحله بعد با گونه Ae. speltoides (ژنوم S) هم گروه شدند. بنابراین ژنوم D فاصله کمتری با ژنوم S نشان داد و ژنوم U بیشترین فاصله را با دو ژنوم دیگر براساس نشانگر مورد بررسی داشت. ژنوم A متعلق به جنس گندم نیز بیشترین فاصله را با سه ژنوم جنس گندم نیای وحشی داشت. اما در بین ژنوم های متعلق به جنس گندم نیای وحشی، ژنوم U دارای فاصله کمتری با ژنوم A بود.