تدوین برنامه های توسعه و احیای رویشگاه های بلوط ایرانی مستلزم بررسی ساختار تنوع ژنتیکی موجود در درون و بین جمعیت های این گونه و اطلاع از میزان قرابت و فاصله ژنتیکی آنهاست. همچنین کاهش سطح تنوع به آسیب پذیری گونه های گیاهی در مواجهه با تنش های زیستی و غیرزیستی منجر می شود. تنوع ژنتیکی 180 پایه بلوط ایرانی (18جمعیت) از جنگل های منطقه زاگرس مرکزی شامل استان های کرمانشاه، ایلام و لرستان با استفاده از 15 آغازگرISSR بررسی شد. در مجموع 157 الل تکثیر شد که از این تعداد 156 الل به عنوان الل چندشکل تشخیص داده شدند. تعداد الل های تکثیرشده از 4 تا 17 با میانگین 47/10 متغیر بود. محتوای اطلاعات چندشکلی از 052/0 در آغازگر UBC895 تا 425/0 برای آغازگر UBC807 متفاوت بود. بیشترین تعداد کل الل های تکثیرشده و تعداد الل های چندشکل مربوط به آغازگر ISSR16 با 17 الل بود. آغازگر UBC814 نیز با چهار الل کمترین الل تولیدشده را در میان آغازگرهای مورد استفاده داشت. دامنه اندازه قطعات تولیدشده از 150 تا 1800 جفت باز بود. 20 درصد از تنوع آشکارشده تنوع بین جمعیتی و 80 درصد از آن نیز تنوع درون جمعیتی بود که روش های گروه بندی خوشه ای و تجزیه به مختصات جمعیت ها را به خوبی از هم تفکیک کرد. کمترین فاصله ژنتیکی درون جمعیت های استان لرستان (59 درصد) و بیشترین میزان آن در استان کرمانشاه مشاهده شد. جمعیت های موجود در استان کرمانشاه و لرستان نیز حداکثر فاصله ژنتیکی را از همدیگر داشتند. تجزیه خوشه ای، 18 جمعیت مورد بررسی را در سه گروه متمایز قرار داد که بیانگر تمایز بیشتر ژنوتیپ های موجود در استان لرستان و کرمانشاه است. تکثیر و چندشکلی مناسب نشانگرهای ISSR مورد استفاده در بلوط ایرانی و همچنین میزان بالا و معنی دار تنوع بین جمعیت ها (20 درصد)، ظرفیت مطلوب این نشانگرها را در شناسایی الل های آگاهی بخش مرتبط با صفات فنوتیپی نشان می دهد.
