در امتداد رودخانه کلم، بر اساس موقعیت مزارع پرورش ماهی، مورفولوژی منطقه و طول مسیر شش ایستگاه به منظور اندازهگیری متغیرهای فیزیکوشیمیایی آب به صورت ماهیانه در نظر گرفته شد. نمونه های آب در ظروف پلی اتیلن به آزمایشگاه منتقل و با روش های استاندارد مورد آزمایش قرار گرفت. برخی از متغیرها نیز توسط روش دستگاهی در محل اندازهگیری شدند. نتایج مطالعات نشان داد که پساب های مزارع پرورش قزل آلا در بالادست رودخانه و کاربری کشاورزی در پایین دست رودخانه هر دو در افزایش فاکتورهای کیفی آب به ویژه نیتریت، نیترات، آمونیاک، فسفات کل، BOD5 و مواد جامد معلق دخالت دارند. با در نظر گرفتن استانداردهای آب برای آبزی پروری، کلیه عوامل کیفی آب به جز مواد جامد معلق در محدوده مناسب قرار دارند. افزایش چشمگیر شاخصDO در انتهای مسیر رودخانه و کاهش آلاینده ها، نشان دهنده ظرفیت خودپالایی رودخانه کلم است. میزان تخلیه نیتروژن و فسفر به ازای تولید سالیانه 611/126 تن ماهی در رودخانه کلم به ترتیب 230/8 و 266/1 تن در سال تخمین زده شد.
