حسن شیرزادی

طراحی کارآمد پرایمر، سنگ بنای موفقیت در واکنش‌های PCR و به‌ویژه PCR زمان واقعی (Real-time PCR) است. در این کارگاه، دو نرم‌افزار تخصصی و مکمل Oligo و AlleleID به‌صورت عملی آموزش داده می‌شوند تا فراگیران بتوانند پرایمرهایی با اختصاصیت، کارایی و حساسیت بالا طراحی کنند. نرم‌افزار Oligo 7 با تکیه بر داده‌های ترمودینامیکی دقیق، امکان طراحی و تحلیل پرایمر برای PCR معمولی،TaqMan و پروب‌های مولکولی را فراهم می‌کند و ابزارهای پیشرفته‌ای برای بررسی ساختارهای ثانویه نظیر دایمر پرایمر، ساختار سنجاق‌سر و همولوژی ناخواسته در اختیار کاربر قرار می‌دهد. در مقابل، AlleleID با بهره‌گیری از الگوریتم هم‌ترازی چندتایی ClustalW، نواحی حفاظت‌شده و اختصاصی گونه/الل را شناسایی کرده و پرایمرها و پروب‌های بهینه برای تکنیک‌های SYBR Green، TaqMan و Molecular Beacon طراحی می‌کند؛ ویژگی «Minimal Set» آن نیز با طراحی حداقل تعداد الیگو، هزینه و زمان طراحی را کاهش می‌دهد. کارگاه با مرور اصول نظری (طول پرایمر، دمای ذوب (Tm)، محتوای GC، و اتصال انتهای 3′) آغاز شده و سپس در بخش عملی، گام‌به‌گام شامل بارگذاری توالی، تنظیم پارامترها، اجرای جستجو، غربالگری نتایج از نظر اختصاصیت و ساختارهای ثانویه، و اعتبارسنجی نهایی پرایمرها با ابزارهایی مانند BLAST دنبال می‌شود. هدف نهایی، توانمندسازی شرکت‌کنندگان برای طراحی مستقل و مطمئن پرایمرهای تشخیصی، تحقیقاتی و بالینی با استفاده از این دو نرم‌افزار است.