در این پژوهش، 44 ژنوتیپ و رقم از سه گونه متعلق به جنس Pistacia شامل P. atlantica (15نمونه)،P. khinjuk (23 نمونه) و P. vera (6 رقم) که از بخشهای مختلف استان ایلام و سمنان جمعآوری شده بودند بر اساس صفات برگ و میوه ارزیابی شدند. نتایج ارزیابی صفات ریختی نشان داد تنوع (ضریب تغییرات فنوتیپی) بالایی در صفات مرتبط با میوه در مقایسه با صفات برگ بین گونه ها وجود داشت. نتایج تجزیه به عامل ها نشان داد، 3 عامل اصلی 04/94% واریانس کل بین نمونه ها را توجیه نمودند. در تجزیه به عامل ها، وزن میوه، قطر و طول میوه، وزن مغز و وزن پوسته سخت جزء صفات مهم و تاثیر گذاری بودند که در عامل اول قرار گرفتند و نزدیک به 52% واریانس کل را توجیه نمودند. نتایج به دست آمده از تجزیه خوشه ای، نمونه های مورد بررسی را به سه گروه اصلی تقسیم کرد به طوری که نمونه های متعلق به هر گونه در گروه های مجزا تفکیک شدند. همچنین، در بخش دوم این آزمایش، تنوع ژنتیکی بین نمونه ها با 12 آغازگر RAPD بررسی شد. در مجموع 71 آلل شناسایی شدند و اندازه آلل ها در محدوده 280 تا 2500 جفت باز متغیر بود. تعداد آلل مشاهده شده برای هر مکان از 4 (OPA-16 و OPA-18) تا 9 (Customprimer) آلل با میانگین 91/5 آلل برای هر مکان بود. شاخص محتوی چندشکلی (PIC) برای مکان OPB-14 بیشترین (483/0) و برای مکان OPA-13 کمترین مقدار (089/0) و میانگین آن 35/0 در بین همه مکانهای RAPD بود. دامنه تشابه ژنتیکی ژااکارد میان نمونه ها از 27/0 تا 84/0 ثبت شد. نتایج حاصل از این پژوهش، در طبقه بندی، حفاظت و شناسایی منابع ژنتیکی پسته کمک می کند و می تواند در برنامه های به نژادی این محصول موثر باشد.