کنترل کیفیت شیر از نقطه نظر فیزیکوشیمیایی، میکروبیولوژی و سموم از جمله آفلاتوکسینM1 به جهت حفظ سلامت مصرف کنندگان و بهداشت عمومی بسیار حائز اهمیت است. از آنجا که تغیییرات میکروبی و شیمیایی شیر خام باعث اختلال در مراحل فرآوری، کاهش زمان ماندگاری محصولات لبنی و در نتیجه به خطر افتادن سلامت مصرف کنندگان و جامعه می گردد، از این رو در این پژوهش به بررسی بار میکروبی و میزان آفلاتوکسین M1 در شیر خام گاوداری های صنعتی، سنتی و مراکز جمع آوری و عرضه شیر در سطح استان ایلام پرداخته شد.