محمد شمس الهی

چکیده در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع 206رأس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشههای K50 تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت دادهها، 48361 تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه 204 رأس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی )FGRM)، میزان هموزیگوسیتی )FHOM)، همبستگی گامتها )FUNI)، با استفاده از نرمافزار GCTA( نسخه1/0( و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی )FROH )با PLINK( نسخه 1/9( محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، 1 درصد از نشانگرهای SNP با باالترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیلهای انجام شده مجموع، 62 جزیره ROH با طول 24/60 تا 13 مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطورییکه بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزومهای شماره ،1 24 و 26 مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با 11 و 205/78 مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش )FGRM، FHOM، FUNI )مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH( 0/043 )در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن )0/018( در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژنهای مؤثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی )D3SEMA، 2CSF، 1ITPR)، ژنهای کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضالت اسکلتی )1UGGT، 2ITGA)، ژنهای کاندیدای تولیدمثل )B16ABHD )همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سالهای متوالی، منجر به شکلگیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم میتواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد. کلید واژهها: ژن کاندیدا، سیستم ا