گوجهفرنگی یکی از سبزیهای خانواده Solanaceae است که به شیوههای مختلفی مصرف میشود. بهنژادی گوجهفرنگی بهمنظور قدرت دورگه و مقاومت به تحملپذیری خشکی یک برنامه مهم است که از سال 1393 در دانشگاه ایلام آغاز شده و برای این منظور شناسایی لاینهای والدی متنوعتر، هدف اصلی به نژادگران بود. در این پژوهش، به منظور بررسی روابط لاینها و فاصلهی ژنتیکی آنها و جداسازی بهترین والدین برای دورگگیری از بین 36 لاین گوجهفرنگی (جمعآوری شده از سراسر دنیا)، از نشانگرهای مولکولی ISSR استفاده شد. واکنش PCR با استفاده از 11 آغازگر انجام شد که الگوی مناسب و قابل امتیازدهی برای 36 ژنوتیپ مورد مطالعه تولید کردند. در مجموع تعداد 89 آلل بر روی ژل آگاروز مشخص شد. تعداد کل آللها برای هر آغازگر از هفت تا 10عدد متغیر بود. بیشترین و کمترین میزان چندشکلی به ترتیب مربوط به نشانگرISSR17 با90 درصد و نشانگر LBMB B با میزان71 درصد بود. همچنین، حداکثر و حداقلPIC به ترتیب 45/0 (LBMB C, LBMB D, HB12) و 38/0(ISSR17) محاسبه شد. بیشترین شاخص نشانگر(MI)با مقادیر 8/3 (LBMBA) و 51/3 (آغازگرهای 809) بود که قدرت تفکیک بالاتر این آغازگرها در مقایسه با سایرآغازگرها را نشان داد. دامنه ضریب تشابه ژنتیکی دایس از 10/0 تا 96/0 بود. نتایج این پژوهش نشان دادند که ژنوتیپهای Solanum pimpinellifolium، S. chilense LA1959 و S. chilense LA1972 بهترین گزینهها برای هتروزیس و تلاقی با ارقام محلی ایرانی میباشند.