یحیی محمدی

در پژوهش حاضر اثر اندازه جمعیت مرجع و تعداد نشانگرهای SNP گم‌شده بر صحت مستندسازی (ایمپیوتیشن) مورد بررسی قرار گرفت. از نرم‌افزار QMSim برای ایجاد بانک اطلاعاتی مرجع به تعداد 1000 حیوان شبیه‌سازی استفاده شد. از داده‌های مرجع دو دسته ایجاد گردید. دسته اول (A) شامل ژنوتیپ‌های اصلی حاوی داده‌های گم‌شده ( تعداد 52 هزار نشانگر SNP) و دسته دوم (B) که داده‌های گم‌شده از مجموع داده‌ها خارج شدند (تعداد 37 هزار نشانگر SNP) ایجاد گردید. در هر دو دسته، تعداد جمعیت مرجع 100، 250، 500 و 750 حیوان شبیه‌سازی شد. تعداد نشانگرهای SNP حذف شده به طور تصادفی و با نسبت‌های 15، 30، 55، 70 و 95 درصد در هر دو دسته شبیه‌سازی گردید. براساس همبستگی بین ارزش نشانگرهای SNP اصلی قبل از حذف و ارزش آن‌ها بعد از مستندسازی صحت برآورد گردید. نتایج مطالعه حاضر نشان داد که صحت مستندسازی تحت تأثیر اندازه جمعیت مرجع و تراکم نشانگرهای SNP گم‌شده قرار داشت. با افزایش اندازه جمعیت مرجع از 100 به 750 حیوان در هر دو دسته متوسط صحت مستندسازی افزایش یافت. بیشترین میزان صحت برای جمعیت مرجع با 750 حیوان در دامنه 89/0 تا 98/0 برای دسته A و 90/0 تا 99/0 برای دسته B مشاهده شد. بطور کلی، نتایج نشان داد که اگر اندازه جمعیت مرجع به اندازه کافی باشد، علی‌رغم تعداد زیاد نشانگر SNP گم‌شده، صحت مستندسازی تغییر زیادی نخواهد کرد.