در سالیان گذشته بدلیل عدم شناخت روابط خویشاوندی ژنومی بین افراد جمعیت در گله تنها از روابط شجرهای برای کنترل همخونی استفاده میشد. در پژوهش کنونی میزان پیشرفت ژنتیکی (∆G)، میزان همخونی به روش شجره (∆F_ped) و میزان همخونی به روش لوکاس IBD (∆F_IBD) برای دو روش GBLUP و TBLUP برآورد و همچنین تاثیر آنها بر صحت پیشبینی ژنومی به کمک داده شبیهسازی بررسی شد. یک جمعیت پایه متشکل از 1000 حیوان برای 4000 نسل به کمک نرمافزار QMsim شبیهسازی شد. تعداد ده کروموزوم و بر روی هر کروموزوم 1000 نشانگر SNP شبیهسازی و تعداد کل QTL ها بر روی ده کروموزوم 1000 عدد در نظر گرفته شد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که میزان پیشرفت ژنتیکی در روش ارزش اصلاحی ژنومی (GBLUP) 13 درصد بیشتر نسبت به روش TBLUP برآورد شد. میزان همخونی به روش شجره در روش GBLUP بسیار پایینتر از روش TBLUP برآورد شد هر چند که در روش همخونی برآورد شده به کمک IBD این میزان تفاوت بسیار ناچیز بود. میزان تفاوت صحت پیشبینی ژنومی برای روشی که همخونی به کم نشانگر برآورد شد نسبت به روش شجره، 24 واحد بیشتر بدست آمد. بطور کلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که برآورد میزان همخونی به کم نشانگر از صحت بیشتر برخوردا بوده و تاثیر آن بر صحت پیشبینی ژنومی معنیدار بود.