امروزه مشخص شده است که روشهای متعارف کنترل بیماریها و آفات گیاهی برای محیط زیست، سالمت انسان و اقتصاد کشاورزان تأثیر منفی فراوانی به همراه دارد. استفاده مکرر از آفتکشها و قارچکشها باعث آلودگی خاک و آب، افزایش تجمع- زیستی آفتکشها و نابودی شکارچیان و گردهافشانها میشود. در نتیجه تولید ترکیباتی ایمن برای حفظ سالمت محیطزیست ضروری به نظر میرسد. در راستای یافتن جایگزین مناسب برای ترکیبات شیمیایی، گرایش زیادی به استفاده از میکروارگانیسم- های اندوفیت و ترکیبات زیستی آنها بوجود آمده است. علیرغم مطالعات گسترده در زمینه استفاده از اندوفیتها در کنترل بیماری- ها، تعداد بسیار کمی از آنها برای مقابله با بیمارگرهای گیاهی استفاده میشود، زیرا کاربرد آنها در سطح وسیع به دلیل امنیت غذایی، تاثیرات اکولوژیکی و هزینهی باال محدود است. برای رفع این محدودیتها استخراج و تجاری سازی ترکیبات زیستی تولید شده توسط اندوفیتها پیشنهاد شده است؛ زیرا ترکیبات زیستی همچون متابولیتهای ثانویه خاصیت ضد میکروبی خوبی از خود نشان دادهاند. استخراج و تجاریسازی این ترکیبات زیستی بسیاری از خطرات زیست محیطی ترکیبات شیمیایی و همچنین محدویتهای استفاده از خود اندوفیتها را کاهش میدهد. عالوه بر این میکروارگانیسمهای اندوفیت به دلیل داشتن ترکیبات زیستی متفاوت، توانایی تجزیه آالیندههای محیطی را نیز دارند و آالیندهها را به ترکیبت غیر سمی تبدیل میکنند.
