پروتئازها ، لیپازها و دیگر آنزیمهای طبیعی در شیر و فراورده های شیر وجود دارند. پروتئازهای موجود در طبیعت در مزه پنیر و فراورده های لبنی که از شیر خام تهیه میشوند، مؤثر هستند. کاربردهای آنزیمها در صنایع لبنی شامل هیدرولاز لاکتوز به وسیله لاکتاز و انعقاد شیر توسط پنیرمایه است. پنیرمایه گوساله در بخش لبنی استفاده میشود درحالی که انزیم فعال موجود یک اسیدپروتئاز است که معمولا به ان پنیرمایه یا کیموزین میگویند. همچنین پنیرمایه میکروبی در بسیاری از کشورها به عنوان انعقادگر جایگزین در بسیاری از پنیرها استفاده میشود. با پیشرفت بیوتکنولوژی کیموزین گوساله توسط میکروارگانیسمها بازترکیب شده مثل ایکلای و مخمرها تولید میشود. کارکردهای خاص دیگری از تکنولوژی انزیم در فراورده های لبنی خاص وجود دارد. ترکیب مناسب لیپاز میکروبی برای تولید زنجیره کربن کم چرب اسیدی در تولید یک پنیر با مزه قوی استفاده میشود. پروتئینازهای خنثی قارچی برای ایجاد طعم لذیذ و بدون تلخی در پنیرهای به عمل آمده کپک قارچی مناسب هستند. آنزیمهای پاک کننده در پاکسازی تجهیزات لبنی رواج یافتهاند و به عنوان جایگزینهای مؤثرتر نسبت به روشهای پاکسازی مرسوم شناخته شدهاند.
